Задачей службы эксплуатации РАТАН-600 является бесперебойная работа телескопа, а именно: обеспечение проведения круглосуточных плановых наблюдательных программ. Это - и наблюдения Солнца, и планет солнечной системы, и галактических и внегалактических объектов, спектральные исследования и др.

СЭК радиотелескопа обеспечивает содержание, профилактику и ремонт всех механизмов антенны, ее электрической части, автоматизированных систем управления. Сюда входят работы по ремонту внутренних и наружных узлов механики и автоматики, ремонт кругового и плоского отражателей, бесперебойное обеспечение электроэнергией всех узлов радиотелескопа, ремонт приемных кабин N1, 2, 3, 5, 6, установка антенны и приемных кабин для наблюдений.

Кроме того, службой эксплуатации выполняются работы по модернизации и совершенствованию радиотелескопа, приемной аппаратуры, систем управления антенной. В этих работах принимают участие конструкторское бюро, механические мастерские, научные лаборатории РАТАНа и некоторые сторонние организации. Все работы направлены на поддержание высокого уровня обеспечения программ наблюдений.